根据上述职责，市商务局设18个职能科室。
(一)办公室。组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、会务、机要、档案、督办、政务公开、安全保密、应急管理等工作。
(二)组织人事科。负责局机关和所属单位的党务群团、机构编制、人事管理及离退休人员的管理、服务等工作;负责局机关和所属单位的维护稳定工作;受理、协调、督办信访事项;负责局机关和所属单位因公出国(境)任务的审核上报和人员审查工作;协调指导全市商务系统的业务培训。
(三)政策法规科。负责商务领域的综合调研工作;负责重要文稿起草工作;负责新闻宣传和信息工作;参与组织局承办的重大商务活动;承担局机关规范性文件的合法性审核工作;承办相关行政复议和行政应诉工作。按规定承办对经营者集中行为进行反垄断调查的相关工作;会同有关部门拟订我国加入世界贸易组织后地方综合应对方案并组织实施;承担世界贸易组织相关规则、协议的咨询服务工作;建立管理全市对外贸易经济政策数据库。
(四)规划财务科。组织拟订全市商务发展规划和年度计划;承担有关商务综合统计、分析、信息发布及业务考核工作;承担内外贸各项业务资金、专项资金的管理工作;负责局机关财务、国有资产管理工作;指导局所属单位财务、国有资产管理工作。
(五)市场秩序科。承担牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作;拟订规范市场运行、流通秩序的政策;推动商务领域信用建设，指导商业信用销售;建立市场诚信公共服务平台;参与组织打击侵犯知识产权、商业欺诈等工作;负责生猪屠宰业的监督管理，组织实施放心肉服务体系建设。
(六)市场体系建设科。组织拟订健全规范市场体系的政策措施;推进流通标准化;牵头组织规范零售企业促销行为;指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设;推进农村市场和农产品流通体系建设;按规定对拍卖、典当、租赁、汽车流通、旧货流通等特殊流通行业进行监督管理;承担报废汽车回收(含拆解)行业的监督管理和汽车以旧换新工作;承担设立直销企业审核上报相关工作。
(七)商贸服务管理科。承担商贸服务业(含餐饮业、住宿业、国内展览业、家政服务业)的行业管理工作;推动连锁经营、商业特许经营等现代流通方式的发展;指导流通企业改革、社区商业发展、流通领域节能降耗工作;提出促进商贸中小企业发展的政策建议;拟订再生资源回收行业发展规划、政策并组织实施，管理再生资源回收工作。
(八)市场运行调节科。监测分析市场运行和商品供求状况，调查分析商品价格信息，进行预测预警和信息引导;承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作;按规定负责重要消费品(含肉类、食糖、小包装食品等)储备管理和市场调控的相关工作;承担重要生产资料流通和酒类流通管理工作;负责调度节日市场供应工作;拟订发展电子商务的政策和发展规划，指导行业信息化建设工作。
(九)物流管理科。负责拟订物流业发展政策，组织、规划、协调、指导现代物流业发展，指导工商企业优化供应链管理;负责物流信息网络建设，组织实施公共物流信息平台、专业物流信息系统与企业物流信息系统对接;负责所属企业管理服务和安全生产监管工作。
(十)对外贸易科。按规定负责审核和监督管理重要工业品、原材料和重要农产品(粮食、棉花除外)进出口计划及配额;承办进出口商品配额投标企业资格的初审工作;按规定审核上报部分进出口商品配额及进出口许可证;承办对外贸易经营者备案登记和国际货运代理企业备案登记工作;指导监督交易会、洽谈会等贸易促进活动和对外贸易促进体系建设;按规定审核和管理外国及港澳台非企业经济组织驻我市代表机构。
(十一)市机电产品进出口办公室。拟订机电产品进出口发展规划、政策并组织实施;依据国家产业政策调整机电产品进出口结构;负责机电产品进出口申报、审核和管理工作;指导协调大型成套设备出口，维护机电产品进出口秩序;组织企业开拓机电产品国际市场;监督、协调全市机电产品国际招标投标工作。
(十二)科技发展与技术进出口科。拟订技术贸易发展规划、政策并组织实施;组织实施u201c科技兴贸u201d战略相关工作，承担技术进出口管理、高新技术产品贸易促进工作;指导管理加工贸易，按规定核准加工贸易业务;按规定承担两用物项、易制毒化学品进出口管理及出口管制和最终用户管理工作;推进进出口贸易标准化工作。
(十三)进出口公平贸易与产业损害调查科(挂服务贸易科牌子)。会同有关部门拟订我市反倾销、反补贴、保障措施及其他与进出口公平贸易相关的政策;组织协调涉及我市的反倾销、反补贴和保障措施及其他进出口公平贸易应诉及相关工作，建立市内进出口公平贸易预警机制;指导、协调全市企业对进口产品发起的反倾销、反补贴和保障措施调查;调查收集国外对我市出口产品实施的歧视性贸易政策、法律法规及其做法，并提出应对措施;建立完善进出口公平贸易信息库;协助上级商务部门组织开展对外贸易壁垒调查、产业损害调查相关工作;建立并完善产业损害预警机制，开展产业竞争力调查、产业安全应对与效果评估，指导产业安全应对工作;建立贸易救济援助制度，支持受损产业恢复发展;跟踪评估实施贸易救济措施对我市相关产业的影响。牵头拟订全市服务贸易发展规划、政策并组织实施;建立全市服务贸易管理体系;承担服务贸易促进工作，推动新兴服务贸易出口，促进国际服务业向我市转移;推进u201c服务贸易示范区u201d建设;承担服务贸易统计工作。
(十四)外商投资促进科。拟订全市吸引外商投资的发展战略、规划和政策并组织实施;会同有关部门编制发布全市对外合作重点项目;组织实施全市产业招商工作和境内外重大外商投资促进活动;指导全市外商投资促进工作;推进与香港、澳门特别行政区和台湾地区的经贸合作，组织实施我市对台通商工作;负责与我国各驻外领事馆经商处(室)的业务联系。
(十五)外商投资管理科。管理全市外商投资工作，参与拟订全市外商投资产业指导目录;按权限核准和审核外商投资企业的设立及变更事项，依法监督和检查外商投资企业执行有关法律法规规章、合同章程情况并协调解决有关问题;按权限核准和审核外商并购市内企业;指导、管理外商投资企业进出口工作;协调外商投诉处理工作;牵头拟订促进服务外包发展的规划、政策并组织实施，推动服务外包平台建设。
(十六)境外投资管理科。拟订全市u201c走出去u201d发展规划、政策并组织实施;拟订境外投资的管理办法和具体政策;依法审核上报市内企业对外投资开办企业(金融企业除外);组织实施境外各类资源开发、优势产能转移、跨国并购等境外投资合作工作;指导协调境外经贸合作区建设有关工作。
(十七)对外经济合作科。拟订促进对外经济合作的政策并组织实施;依法管理和监督对外承包工程、对外劳务合作和设计咨询等对外经济合作业务;审核对外承包工程经营资格、对外劳务合作经营资格;承办对外劳务合作项目的审查备案工作;按规定负责外派劳务和境外就业人员的权益保护工作;审核、管理我市承办的国家对外援助项目，管理多双边及国外民间组织对我市提供的无偿援助和赠款项目(不含财政合作项下外国政府及国际金融组织对我市赠款)。
(十八)开发区管理科。会同有关部门拟订全市经济开发区、保税港区、保税区、出口加工区、保税物流中心等发展规划、政策;且负责国家级、省级经济技术开发区设立的审核上报工作;负责省级经济开发区的综合协调和产业发展规划组织实施;负责省级经济开发区的综合评价、统计和考核工作。
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