根据上述职责,南安市对外贸易经济合作局设4个内设机构:
(一)人秘科
综合协调局机关及直属单位工作,督促重大事项的落实;负责机关及直属单位机构编制、人事劳动、老干部管理工作,负责重要会议的组织及会议决定事项和市委、市政府督办件和人大、政协建议、提案的督办与反馈;负责局机关文电、政务信息、机要、保密、信访、档案、接待、车辆管理、安全生产和效能建设等工作;承担政务信息、政府信息公开、办公自动化等工作;负责局机关财务工作、国有资产管理、政府采购和其他行政后勤工作。
(二)行政审核审批科(外资促进管理科)
指导和管理全市招商引资和投资促进工作;参与拟订全市吸收外商投资的中长期发展规划和年度计划,贯彻执行《外商投资产业指导目录》;负责外资管理相关工作,协调解决有关问题;配合有关部门组织全市外商投资企业的联合年检工作,负责编制并组织实施全市招商引资方案,组织承办全市性重大招商活动;对重大招商项目进行跟踪和促进;负责外资统计工作;协调指导全市外商投资的咨询服务工作;负责指导管理全市对台港澳投资促进工作,协调处理有关重大问题;承担国际服务贸易促进工作;推动服务外包发展和平台建设;与境外国际投资机构、商协会建立投资促进合作关系;承担市外资领导小组日常工作。
(三)对外贸易科
指导和管理全市对外贸易工作,参与拟订全市外贸中长期发展规划和年度计划;承担协调我市有关进出口公平贸易的具体工作,建立进出口公平贸易预警机制;依法负责国际贸易摩擦应对,指导、协调外国对我市出口商品的反倾销、反补贴、保障措施和特殊保障措施的应诉及相关工作;负责我市举办或参与的境内外国际性展览会等贸易促进有关工作,组织实施我市出口品牌体系建设,协调指导企业开拓国际市场;负责管理全市加工贸易,研究拟订全市对外加工装配发展规划和年度计划;负责市直单位对外加工装配合同的审批;指导协调管理全市对外加工装配业务;负责管理全市服务贸易,拟订全市服务贸易发展规划与年度计划,推动服务外包发展和平台建设。
(四)国外经济合作科
协调全市国外经济合作工作;参与我市对外投资业务及对外投资统计分析工作;负责管理全市对外劳务合作、对外承包工程工作;协调管理境外投资企业;协调对台港澳经贸工作;协调管理全市接受国际多双边援助工作和对外经济援助项目的实施工作。依法承担对外劳务合作、境外就业、对外承包工程和对外援助的权益保护和监督管理工作,参与我市对外投资各项统计与分析,服务和管理我市对外劳务派出机构,参与协调处理有关境外劳务、就业的突发事件。