总统为武装力量最高统帅。国防委员会为最高军事决策机构,总统任主席。最高军事指挥机构是武装力量联合指挥部,直属总统领导,成员为三军司令,并轮流担任主席。现任联指司令塞萨尔·阿斯图迪略·萨尔塞多(César nASTUDILLO Salcedo),陆军司令曼努埃尔·戈麦斯·德拉托雷(Manuel Gómez De La nTorre),海军司令里卡多·阿方索·梅嫩德斯·卡列(Ricardo Alfonso Menéndez nCalle),空军司令鲁道夫·亚历杭德罗·佩雷拉(Rodolfo Alejandro nPereyra),国民警察司令塞萨尔·奥古斯托·塞万提斯·卡德纳斯(César Augusto Cervantes Cárdenas n)。秘鲁实行义务兵制,服役期两年。
1947年,秘鲁加入美洲国家军事体系。1952年,秘鲁与美国又签订了双边防御协定等军事协定,但是后续的政变导致与美国军事关系中断。50年代初期秘鲁开始创建小型军事工业,主要以修理武器装备为主。1968年10月,胡安·贝拉斯科将军政变上台后,军政府投入大量资金开展军工生产,至今有些项目已经形成了相当规模的生产能力,已经有军方直属医药厂和汽车修理厂、弹药厂、通信设备厂、坦克和直升机修理厂、军服厂,但是大致而言集中在后勤零件和弹药自制,依然没有大型武器自制能力,多数武器还是采购俄制产品为主,
秘鲁的军力以防御为主,虽然规模不大,但是拥有20世纪80年代向德国购入的多艘209型潜艇,至今仍有不错的静音能力,以及10多架米格29、10多架幻象2000,使其成为中美洲一支让他国有所忌惮的军事力量。
2009年秘三军总兵力10.1867万人。
陆军6.2057万人,下辖4个军区和一个临时军区,编有5个步兵旅、2个装甲旅、2个摩托旅、2个山地旅、2个特种旅、1个丛林旅、1个陆航旅和1个纵队。
海军2.291万人,设有5个海区,拥有现役巡洋舰1艘、导弹驱逐舰8艘、导弹护卫舰6艘、潜艇6艘、巡逻艇59艘等。
空军1.69万人,编有4个飞行联队,1个训练司令部。自20世纪70年代引进苏联飞机;1989年购买法国幻影-2000截击机12架;1992年从尼加拉瓜购进苏制武装直升飞机19架,1996年从乌克兰购进米格-29战机10架。1998年采购苏-25战机18架。
另有约10万国民警察组成的准军事部队。
2016年秘三军总兵力11.7万人,预备役38.6万人。陆军7.1万人,海军2.7万人,空军1.9万人。另有约10万国民警察组成的警察部队。
2016年,国防预算14.1亿美元。
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