昆明海关的前身为蒙自海关,于1889年成立。1910年滇越铁路通车至云南府(昆明),蒙自海关在云南府设立分关。1932年1月1日,蒙自关税务司移驻云南府分关办公,蒙自关仍保留总关名义。1942年2月4日,蒙自、腾越两关合并,成立昆明海关。
云南解放后,1951年,昆明海关、腾冲海关合并,仍称昆明海关。1980年,昆明海关升格为局级关,直属海关总署,实行垂直领导体制,改名为中华人民共和国昆明海关。目前总关内设15个局、处(室)和机关服务中心及2个派驻机构,并代管总署昆明教育培训基地和瑞丽缉毒犬基地。下属海关机构与云南的对外开放相适应,共有21个隶属海关和9个海关缉私分局,分别设在中缅、中老、中越4061公里的国境线上和部分内陆开放地区。全关区共有干部职工1300余人,其中海关缉私干警250余名。
长期以来,昆明海关在云南省委、省政府的大力支持关心下,在海关总署的正确领导下,认真践行“三个代表”重要思想,深入贯彻“依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”海关工作16字方针,按照“政治坚强、业务过硬、值得信赖”海关队伍建设12字要求,继承和发扬昆明海关多年来形成的优良传统和成功经验,以实行海关关衔制度为契机,强化依法征管、科学征管的税收工作意识,积极参与和推动云南省“大通关”建设,始终保持打击走私违法活动的高压态势,不断加强海关队伍的正规化、现代化和准军事化建设,努力把好祖国 “西南门户”,积极为云南省经济建设和改革开放贡献力量。