威廉二世曾在当年6月表示:必须大举进攻北京,将它夷为平地(Peiking muss regelrecht angegriffen und dem Erdboden gleichgemacht werden)。此后不久,德国驻华公使克林德被杀,威廉二世旋即下令进行军事报复,中德关系跌落至最低点。事实上,义和团运动最先起于山东省,而山东省正是德国的势力范围。在义和团战争中,威廉二世要求德国军队像当年的匈奴军队一样无情消灭中国人,这段比喻令德国军队在两次世界大战中被称为u201c匈奴兵u201d。
中国向与之交战的11国(参加联军的八国以及未出兵的西班牙、比利时、荷兰)赔款白银4.5亿两,其中德国获得9007万两,占赔款总额的五分之一。此外清朝还派醇亲王载沣前往德国,就克林德公使被杀一事向德国谢罪,并在克林德被杀的东单路口树立牌坊以示纪念。
中德关系在辛丑条约后得到了一定程度的恢复。执掌清朝政权的慈禧太后试图依赖德国的先进工业和技术,实现1898年被她亲手中断的维新运动。在这段时期里,德国对中国法律的影响也很大。在清朝灭亡前夕,中国的改革者仿照日本的先例,参照德国民法典,制订了清朝的第一部民法。