许多公司的职员发财回到英国后建立了自己的不动产、企业和获得了政治权利。在英国国会中公司建立了一支自己的说客队伍。但一些原来与东印度公司协助的有野心的商人也对公司施加压力，他们希望能够在印度建立自己的私人公司。在这些压力下，1694年国会通过了一个非管制法案。这个法案允许任何英国公司与印度贸易，除非国会通过法案禁止该贸易。这样英国国会实际上取消了施行了约100年的许可状。
1698年国会通过法律建立了一个平行的u201c东印度公司u201d（官方名字为u201c英国东印度贸易公司u201d）这个公司拥有国家保障的二百万英镑的资金。但旧公司强大的分股人很快就购买了31.5万英镑的新公司的股份，这样他们就在新公司中占多数了。两个公司在英国和在印度抗争了一段时间，都想获得贸易的主宰地位。但很快就看得出老公司实际上几乎没有遇到任何竞争。
最后两个公司于1702年合并，同时参加合并的还有政府的一些机构和两个其它公司。这个新公司向政府出借了320万英镑，作为交换获得了此后三年的独一特权。这个合并公司的全名为u201c英格兰商人东印度贸易联合公司u201d。
此后几十年中国会和东印度公司之间不断争战，公司希望自己成为一个永久性的设施，而国会则不放过任何机会来占用公司的财富而同时不使它获得更大的自主权。
1712年虽然政府还清了它的债，但仍立了一条法律重申了公司的地位。
1720年英国15%的进口来自印度，几乎所有进口通过东印度公司。
公司通过其说客它再次保证了其影响，1730年公司的许可状被延长到1766年。
此时英国和法国成为了大敌。两国之间常常为控制殖民地而发生小战争。
1742年，由于政府惧怕战争会导致财政困难，同意将东印度公司的许可证的期限延长到1783年，代价是公司向政府再贷款100万英镑。最后小冲突真的导致了战争。从1754年到1763年在七年战争中，英国的主要注意力集中在加固其在欧洲和北美洲的土地。战争也波及到印度。公司军队与法军在那里爆发冲突。与此同时英国通过工业革命超过了它的欧洲竞争者。由于战时军队和经济的补给需要与印度的贸易大增，同时英国获得原材料的能力和生产方式的效率也提高了。其结果是英国人的生活水平提高。这个富强导致的生产和需求又提高了它对远洋贸易的需要。东印度公司成为英国对世界市场的单一最大占有者，并对政府施政加以影响。
威廉·派恩在他1808年的书《伦敦的微观世界》中写道：
u201c1801年3月1日，东印度公司欠债5,393,989英镑，拥有动产15,404,736英镑，其销售从1793年2月从4,988,300英镑提高到现时的7,602,041英镑。u201d
自17世纪中期，东印度公司开始涉足硝石贸易。由于硝石是制造火药的原料，因此英国军队对硝石的需求十分殷切，而英皇每次订下的合约往往需要上数百吨的硝石，东印度公司则可从中赚上数万镑。公司其中一位总督甚至曾经在1864年说到，从卖硝石赚的钱比课盐税还要高。
在这段时期，东印度公司于中国、印度和英国建立了一条呈三角关系的贸易航线，好使英国从当地进口茶叶和丝绸。
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