日本建武元年(公元1334年)镰仓幕府灭亡,出现所谓建武中兴的县花一现局面。不到二年,足利尊氏起兵,中兴局面分裂为南、北朝对峙形势。足利尊氏于北朝历应元年(公元1338年)自任将军开幕府于室町,是谓室町幕府。从此开始了元日贸易的第二阶段,即天龙寺船贸易阶段。天龙寺船为足利尊氏和足利直义兄弟所派遣,因而具有半官方性质。但是,派出这种性质的贸易船并不始于足利尊氏。早在日本正中二年(公元1325年)为建造建长寺时,镰仓幕府首次派出给予保护的筹措建寺经费的贸易船。在幕府任命该船纲司(即船上的总负责人)时言明,不论贸易亏赚,回国后向幕府交纳三千贯铜钱和一定的财物,作为建寺经费和派出保护舰队的酬谢。(注14)元弘二年(公元1332年),在筹措摄津住吉神社营建费时,曾派出同样性质的住吉神社船。到日本北朝历应四年(公元1341年)时,足利义直派出两只天龙寺船赴元贸易,是为营造天龙寺筹措经费。由于这种半官方性质的贸易,以天龙寺船具有代表性,故名此种贸易为天龙寺船贸易。但是,应该指出,天龙寺船贸易只是这个时期具有特点的一种贸易方式,而且不是经常进行的,大量的贸易方式仍是日商贸易。
天龙寺是足利尊氏为安慰祈攘已死的后醍醐天皇修建的,同时具有为武家修建一座大禅寺,在佛教中树立自己的势力,与督山天台宗分庭抗礼的意图。日本北朝康永元年(公元1342年)秋,第一次天龙寺船出发,本应二船同发,但却先去一只。第二年夏,该船回国。据称:这次贸易极为顺利,u201c携珠宝财物去宋(指元朝u2014u2014引者),买卖之利百倍u201d。(注15)按出发前的规定,该船向天龙寺交纳五千贯铜钱,作为建寺经费。天龙寺于北朝历应二年动工,因无经费进度极慢。自天龙寺船回国后,工程进度极快,于北朝康永四年(公元1345年)即行竣工。从天龙寺经费来源充足这点看,由足利直义派出的第二艘天龙寺船,无疑也赴元 贸易了。至于以后是否还派出过天龙寺船,无史实可查。但是,北朝贞治六年(公元1367年)四月,医师但马入道道仙(即道直)为筹措建筑疗医院,曾向幕府申请派出筹措经费贸易船,并请求以京都每栋房屋征款十文充作造船费用。(注16)该次筹措经费贸易船同样具有天龙寺船贸易的性质。由此可见,对日本史书u201c每年为例,世称之日天龙寺船u201d的记载,(注17)不应只理解为由天龙寺派出的贸易船。凡是u201c经幕府批准,取得它的保护前往,而在回国后得负担一定义务的一种特殊的商船u201d,都具有天龙寺贸易船的性质,而天龙寺船不过是其中最突出的一种而已。天龙寺船和一般日商船,赴元贸易所携带的商品与宋日贸易时期无大变化,大体上是黄金、刀、折扇、螺钳;梳黄、铜以及其他工艺品,从元贩回的商品主要为铜钱、香药、经卷、书籍、文房具、绘画、禅寺用具、茶、锦、续、毛毡、瓷器、珍玩等。前已述及,元在港口设市舶司检查管理国内外商船。元商船持有总府衙门发给的公验公凭,上载该商船所去国家的名称,不准随意他往;该商船回国时只能返回启航之港,接受市舶司的检查和抽分,其后始准与商入交易。外国入港商船大体同元商船,由
元市舶司发给公验公凭,并由该国官署在公验公凭上添写商人姓名货物数量、重量等,市舶司按公验公凭所注明的商品数量,点u2014检和抽分。这些手续办完之后,限于四个月内售完。抽分税率,大体上细货十之一,粗货十五之一,抽分的规定按时代不同略有变化。
由于日商船已出现过焚掠闹事问题,所以元市舶司对其防范较严。日商船进港后,须立即将本船纲司以下各种人员的名单及所携带物品呈报市舶司以备检查,所带武器必须缴于市舶司,待货物售完回国起锚时发回。商船不经检查,不得擅自开航以及进行非法秘密贸易。如有违犯,人受杖刑,货物没收入官,告发者,可得所没收货物的三分之一。元对日商贸易的限制,中后期较严,但由于日商赴元贸易获利极厚,因此,赴元商船未曾减少。