广州保税区管理机构的设置包括三个主要层次:广州保税区领导小组、广州保税区管理委员会、海关等国家有关管理部门的派驻区内机构。
广州保税区领导小组:由市长担任组长,副组长由主管外经工作的副市长、市委领导及保税区管委会领导担任,成员由市政府外经贸委、工商行政管理局、黄埔海关、广州港务局主要领导组成。领导小组负责保税区的领导工作,对保税区的重大问题进行决策,协调保税区与市各有关管理部门的工作关系。
广州保税区管委会:根据《广州保税区管理办法(试行)》规定,其性质是广州市人民政府的派出机构,负责统一管理保税区的行政事务。其主要职责有:
1.制定和修改保税区总体规划,经市政府批准后组织实施;
2.制定和发布保税区的各项管理实施细则;
3.按照规定的权限,审批保税区的投资项目,审批保税区各类企业与机构的设立、合并和撤销;
4.管理保税区内的基本建设、财政税收、工商行政、劳动人事、土地房产、交通运输、环境保护、消防治安、公用事业等行政工作;
5.管理、监督保税区的对外贸易和转口贸易等经济活动;
6.统一协调保税区内海关、工商、税务、外汇管理等部门的工作;
7.管理保税区内公共事业和设施;
8.行使市政府授予的其他职权;
按照此职能规定和保税区的实际发展需要,广州保税区管委会暂时设立四个职能部门:
经济发展局:主要行使计划、统计、外经、外贸、项目审批、进出口物资审批、物价、企业管理、投资服务、组织招商等经济管理方面的职能。
公共事业局:主要行使土地房产管理、市政管理、基本建设管理、环境保护等社会事业的管理职能。
财税局:主要行使保税区财政预决算、资金管理、财务管理、税务管理等方面的职能。
办公室:主要行使管委会的秘书、公关、宣传、监察、审计、侨务、台湾事务、社会文化管理、劳动人事、工资、外事、保卫、政策研究、法制、机关后勤服务、保税区人员和车辆进出监管等方面的职能。
为强化服务职能,管委会下设若干事业性中介服务机构,包括审计师事务所、会计师事务所、律师事务所、财税咨询事务所、人才交流服务中心、信息中心、发展研究中心等。
派驻机构:鉴于保税区属海关监管区的特点,保税区内派出机构的设置以海关为主,拟设立广州保税区海关。其它派驻机构依保税区的发展实际需要设立。在发展初级阶段,一些必要的部门如工商管理、派出所等部门可采取两块招牌, 一套人马的方式与广州开发区现有机构合署办公。