根据工作任务,市口岸办设置2个职能科室:
协助本办领导协调机关工作;提出中、长期口岸建设的建议,提出口岸建设投资的分配、使用意见;制订机关工作制度;负责会议组织、文电处理、信访、保卫、档案、保密、机关行政事务管理等工作;负责口岸的内外宣传、教育培训工作;负责口岸综合性文件、材料的起草工作;负责机关组织、人事、劳资、纪检、监察工作;负责机关财务与后勤管理工作。
检查监督国家有关口岸工作的方针、政策和法规在本地区口岸的执行情况;研究制订本地区口岸管理的具体办法和实施细则,并负责监督检查;负责监督检查口岸、查验监管单位及直接为口岸服务的部门按各自的职责和规定进行查验、监管工作;协调查验单位之间工作关系,帮助处理有关问题;负责新开口岸的可行性研究、审理和报批工作;参与口岸管理、查验制度改革及有关政策拟订;负责本地区口岸服务业务指导;参与对外开放、经济协调的指导工作;负责出口加工区、保税物流中心等口岸生产经济单位的监督指导工作;负责协调和指导打击走私等相关工作;负责本系统对外经济统计分析工作。