二十世纪六十年代初,国家总理周恩来和外交部长陈毅决定创办外国语学校。
1963年,上海、北京、天津、南京等八所外国语学校成立。江苏省教育厅受教育部的委托,负责在南京筹办南京外国语学校。
1990年,南京外国语学校被评为江苏省重点中学。
1999年,南京外国语学校开始对本部和分部校园进行改造。
2002年,南京外国语学校首开中加班,这也是南京市第一个由公办高中开设的国际班。
2006年,南京外国语学校通过剑桥大学国际考试委员会(CIE)的检查和审批成为其国际考试中心(注册号CN545),学校开设u201c剑桥国际高中课程实验班u201d,引进剑桥高中课程(GCE A-Level)
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2007年,南京外国语学校开办新南威尔士大学预科项目(中澳预科班);同年10月,该校体育馆建成,并举行落成典礼
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2003年,南京外国语学校创建仙林分校。
2009年,南京外国语学校本部和分部校园改造全面竣工。
2012年,南京外国语学校开办河西分校以及南京市浦口外国语学校。