关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可以追溯到3万年前至10万年前。约1.2万年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，全岛进入下个绳纹时代。约1.2万年前左右开始被称为绳纹时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。这个时候的人们制作绳纹式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竖穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也进行栽培，后期到晩期间种植稻。
在日本神话中，太阳神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本国并即位为天皇。
伴随着渡来人的移入，日本在弥生时代初期出现了陶器、铁、铜器以及水田等文化，使日本逐渐成为一个农业社会。弥生时代中期，位于九州的奴国国王向汉朝朝贡，并获赐金印。
到了2世纪后半期，各小国内战频繁，直至3世纪中叶才出现较大的u201c大和国u201d，后经过长期的扩张，并且逐渐征服了日本中部大部分地方，其首领最初称为u201c大王u201d，后来改称天皇。
古坟的分布基本上遍及本州岛南部，以奈良、大阪的大和盆地为主，北海道则未发现。这一时期的坟墓为巨大的穴式土堆，四周有壕沟，u201c前方后圆u201d形式的墓制最具代表性，坟的周遭围绕着中空的黏土塑像，这些筒状土制人偶可能是殉葬用的，称之u201c埴轮u201d。建筑这些坟墓需要花费大笔金钱，只有少数的统治阶级能够负担，截止2013年发现有71座，钥匙孔形的古坟最常见，大阪的大山冢，又名u201c仁德天皇陵u201d据悉为全世界最大的古坟。
古坟里通常有许多铜镜、珠宝等物品，到了后期，古坟里还有兵器和盔甲。古坟时代分为前期、中期、后期。从8世纪初开始，火葬流行，古坟逐渐式微，并开启了佛教建筑的时代。
飞鸟时代得名于奈良县的飞鸟地方（如今的明日香村，当时的都城藤原京）。佛教在这一时期通过百济传来，587年，衣折战役中，苏我马子击败物部守屋，取得对朝廷的控制权。
592年，和苏我氏有姻亲关系的皇族女性丰御食炊屋姬即位为推古天皇。她提名圣德太子（马厩门王子）为摄政进行了以加强皇权为核心的政治改革。圣德太子制定了十二阶冠位和十七条宪法；同时还派遣使节和留学生到隋朝学习。苏我入鹿杀害了圣德太子的儿子山背兄皇子，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣镰足（藤原镰足）合谋刺杀苏我入鹿，结束了苏我氏的专权。同年，孝德天皇即位，颁布大化改新诏，推行大化革新。
672年，天智天皇驾崩，儿子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子与其争位，爆发战争，史称壬申之乱。710年，元明天皇迁都平城京，飞鸟时代结束。
奈良时代即以奈良（平城京）为都的时代。自710年（和铜三年）定都平城京，至784年（延历三年）迁都长冈京，共计74年。是律令制社会的繁荣鼎盛时期，表现在政治经济制度、阶级关系、文化以及对外关系等方面。光仁天皇及桓武天皇时期，朝廷力图整顿混乱的政治形势，缩减财政开支，改革兵制，向东北地区扩展疆域，谋求整形和重新加强律令制。日本最早的史书《古事记》、《日本书纪》也于此时相继编成，从而进入日本的历史时代。
平安时代即以平安京（京都）为都城的历史时代，始于794年（延历十三年）桓武天皇迁都平安京，终于1185年（文治元年）镰仓幕府成立，历经400年。庄园制度让开垦耕地的人永久拥有耕地，他们结合成利益集团，更武力兼并庄园，渐成各地武家实力的来源。
源赖朝平定平氏后，建立以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。始于1185年（文治元年）镰仓幕府成立，终于1333年（正庆二年、元弘三年）幕府灭亡，历经149年。始期另有1180年说、1183年说、1192年说（源赖朝出任征夷大将军）。
在北条时宗在位的时候，元世祖忽必烈曾两次侵日未果。后期，幕府的统治日渐衰败，无法维持，终于后醍醐天皇举兵，然后被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈而灭亡。
后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝终于形成。
足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，他统一了以后，曾企图篡夺皇位。但在他死后，第四代将军足利义持阻止了此事。由于当初足利氏为了对付南朝，必须于京都开设幕府，而在镰仓设公方府，引来了关东大乱。在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此幕府的权威日下。原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，称为战国时代。
天正元年（1573年），织田信长放逐了末代将军足利义昭，足利幕府宣告灭亡。后逐渐成为全国最强大的军事首领，并开始积极拓展统治版图，直到天正十年（1582年）消灭甲斐大名武田氏为止，已几乎完全控制近畿与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方，此时的全国实际政治中心也转移到安土城的织田氏手上。同年，部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长死去（或说失踪），其长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后自杀，整个织田氏顿时陷入混乱。
1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始进行统一全国的计划。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，1598年，丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。
1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，于江户设置了江户幕府。政治一安定经济也跟着发展，在德川纲吉时代景气良好，商人与町人盛行元禄文化。江户时代中叶，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革暂时恢复了财政，却又再度恶化。
幕府末年被欧美各国逼迫开国，经由马修·培里来航而签下了日美神奈川条约等不平等条约使得锁国崩裂。随着开国与尊王攘夷思想强盛，幕府大老遇刺身亡与萨英战争都令幕府的权威一落千丈，最终德川庆喜先后把政权与领地交还朝廷，史称u201c大政奉还u201d。
明治年间（1868年u20151912年）称为明治时代。
经过王政复古大号令及戊辰战争后，拥戴朝廷的诸藩，成立了明治大日本帝国政府。旧藩士在新政下生活困苦，演变成西南战争，后来渐渐恢复秩序。
新政府积极引入欧美各种制度及废藩置县等等，这些各项改革被称为明治维新。一方面，新政府确立国家制度，如设立帝国议会及制定大日本帝国宪法；一方面，又以培植产业及加强军力（富国强兵）为国策推进，急速地发展成近代国家。此外，1879年染指清朝朝贡国琉球国，并改设为冲绳县。日本又在1894年甲午战争及1904年日俄战争中取得胜利，通过《马关条约》等不平等条约，割占台湾及其附属岛屿（含钓鱼岛），强占东北南部。1910年吞并朝鲜。
文化上，日本从欧美传入了新的学问，艺术；带有未曾在日本出现过的个人主义小说，文学开始出现，与江户时代以前不同的文化展开了。宗教上，改变了以往神佛合流的现象（神佛分离），出现了打压佛教（废佛毁释）等等的运动。
大正年间（1912年u20151926年）称为大正时代。明治天皇于1912年驾崩，子嘉仁继位，改元大正，是为大正时代。大正元年，因为陆军倒阁而引起了第一次护宪运动（即：大正民主运动，日语：大正デモクラシー），开始出现政党政治。
大正时代前期，发生了第一次世界大战，时为自明治维新以来日本国力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁摄政，1923年发生关东大地震，以及一战后在国际和平会议中节节败退，使日本日渐艰难。
权贵与政党不断抗争，发生了第二次护宪运动，实行了全民普选（1925年）。亦由唯一的元老西园寺公望推荐首相，提倡u201c宪政之常道u201d。
1926年12月25日，大正天皇驾崩，皇太子裕仁继位，是为昭和时代。第一次世界大战时期，日本经济发展迅速。国内政局为统制派军人击倒皇道派军人从而掌握军政大权。此后，由于统制派军人由外而内改变国家政体的思想，日本开展了对包括中国在内的东亚各国的大规模侵略。日本成为第二次世界大战远东以太平洋战场上的主要侵略者。
1945年8月15日，日本接受《波茨坦公告》无条件向盟军投降。
战后的政党如雨后春笋一样大量成立。联合政府倒台。吉田茂再次重登相位，连续四次组阁，合共第一次组阁为日本史上唯一的。《旧金山和约》签定后，日本恢复了国家主权（因《旧金山和约》签订时，中华人民共和国尚未取得联合国席位因此被美国、英国、法国等国排除在外，故中华人民共和国政府自和约签订至今均未承认过《旧金山和约》）。
昭和天皇于昭和64年（1989年）1月7日驾崩，子明仁继位，驾崩隔日起（1月8日）改元平成，称为平成时代（1989年至今）。
民主党代表（党首）鸠山由纪夫（2009年9月）16日在特别国会首相指名选举中当选为日本第93任首相，并于当天完成组阁。新内阁的成立标志着日本政坛正式进入民主党执政时代，日本首次实现战后以来真正意义上的u201c政权更迭u201d。
2016年10月28日，日本当选联合国人权理事会成员，任期从2017年至2019年。
[6]2017年12月8日，明仁天皇退位日定于2019年4月30日。
[7]2019年4月1日，日本官房长官菅义伟宣布，u201c令和u201d被选为日本新年号，从2019年5月1日开始启用u201c令和u201d为年号。
2019年4月9日，日本政府财务相麻生太郎正式宣布，将在2024年度的上半年更换纸币图案，推出1万日元、5000日元和1000日元新纸币，正面将分别使用涩泽荣一、津田梅子、北里柴三郎的人物肖像。
2019年5月1日，天皇德仁在东京的皇居举行即位仪式，成为日本第126代天皇。
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