1543年葡萄牙人漂流至种子岛。葡商船之前已经到达琉球,琉球人得知葡船攻击并占领马六甲,因而拒绝与之交易。然而日本商人因明朝的海禁而无法直接与大陆通商,故而愿意与葡商船进行贸易。从此葡商船开始由马六甲来日本。1557年葡萄牙获得澳门的使用权,以其为据点交易葡明日的三国的商品。葡王室也开始整顿与日本的贸易,以招标形式向商人出售单独与日本交易的权利。
葡萄牙船只最初在1550年来航松浦隆信领下的平户。1557年开始,葡萄牙政府的官许船开始正式来航平户。1561年在平户港发生了葡萄牙船员被杀害的宫前事件,于是葡萄牙人另觅据点,将贸易据点先后迁往大村纯忠领下的横瀬浦(今西海市)、福田浦(今长崎市福田本町)、口之津(今南岛原市口之津町)等地。最终葡萄牙人选定长崎作为贸易据点,于是大村纯忠在1570年开放长崎为对外贸易港。翌年,葡萄牙商船首次来航长崎。此后,葡萄牙商船固定每年来航长崎,长崎作为葡萄牙的贸易港逐渐发展起来。
织田信长与丰臣秀吉政权基本上对南蛮贸易取支持态度。西班牙继葡萄牙之后也经由美洲大陆开辟了太平洋的航路,以吕宋岛马尼拉为据点前来日本进行贸易。德川家康对对西贸易持积极态度,曾在1610年派遣京都的商人田中胜介前往西班牙统治下的墨西哥。此外为了独占与葡商交易生丝的利益,幕府于1604年建立了u201c丝割符制度u201d,只允许特定的商人集团输入和向国内商人售卖生丝。家康当政时取缔基督教但允许贸易。
荷兰人被日本人称为u201c红毛人u201d,与葡萄牙等南欧人被称为u201c南蛮人u201d不同。1600年荷兰人搭乘Liefde号意外漂流来到日本九州。1605年,两名荷兰人受德川家康委托前往北大年王国(在马来半岛东北部),邀请荷兰人来日交易。因忙于应付与葡萄牙在东南亚的对立,当时的荷兰商务据点的管理官并未接受。但1609年荷兰人Jacques Specx率两艘船到达平户,并获得德川家康的朱印状许可进行贸易。直到1641年平户荷兰商馆迁移到出岛为止的30年间,平户一直作为日本最大的南蛮贸易港之一而繁荣着。荷兰同时也参与海盗活动与海战,以削弱西葡在太平洋的势力,并最终成为之后两个世纪日本唯一许可作交易的欧洲国家。交易地点在长崎出岛。
后来为进一步禁止基督教并防止西部的大名扩张势力,幕府开始限制与外国的贸易。交易地点被限制在平户与长崎。1624年西班牙商船被禁止来日,1639年葡萄牙船也被禁止。平户的贸易被禁止,锁国体制建立,南蛮贸易终结。