一、提单是承运人保证据以交付货物的单证，而FCR不具有该项特点。我国海商法明确规定，提单中载明向记名人交付货物，或者按照指示人的指示交付货物，或者向提单持有人交付货物的条款，构成承运人据以交付货物的保证。因此，如果是记名提单，承运人应向记名的收货人交付货物，如果是指示提单，承运人应按指示人的指示交付货物，如果是不记名提单，承运人应将货物交给提单持有人。如果承运人未凭提单交付货物则应对根据提单有权提货的人因此遭受的损失负赔偿责任。而我国海商法未规定FCR等提单以外的单证也是承运人据以交付货物的保证，因此承运人不凭FCR将货物交付收货人不违反法律的规定。FCR一般都在正面显著位置明确记载“货物将直接发送收货人”，只要托运人接受了该单据，即应受该项约定的约束，因此承运人不凭FCR将货物交付给收货人也不违反运输合同的约定，可见在用FCR代替提单的运输方式下，承运人直接向收货人交付货物既不违法也不违约，无须对托运人因此受到的损失承担赔偿责任。
二、FCR一般只出现在FOB价格条款和EXW（工厂交货）价格条款下，提单的使用则无此局限。在FCR运输方式下，货物买方多为著名的国际超市或大型建筑项目的采购商，这些客户的订单一般具有量大、周期长的特点，一份订单很可能分多次运输，买方为节省时间和运费，在订立买卖合同时常常要求采用FOB价格条款或EXW价格条款，毕竟船公司给大买家的运费要比给普通客户的运费低得多。在上述价格条款下，货物运输由买方控制，买方往往指定卖方将货物交给货运代理人，由货运代理人预先向船公司包下若干货柜，而后由货运代理人负责装柜，待货物运抵目的地时，再由货运代理人在目的地的代理人负责领柜并分送至不同地区的收货人。从上述业务操作流程可以看出，和船公司签订海上运输合同的是货运代理人而不是托运人，因此托运人将货物交给货运代理人以后得到的单据是FCR而不是海运提单，除非托运人在签订买卖合同时不同意用FCR代替海运提单。而提单的适用一般与买卖合同约定的价格条款无关，只要买卖合同约定凭提单结汇，则货物由承运人接收或者装船后，只要托运人提出要求，承运人就应当签发提单。
三、银行接受提单和FCR的条件有所不同。跟单信用证统一惯例(UCP500)第30条规定：除非信用证另有授权,银行仅接受运输行签字的在表面上具有下列注明的运输单据：注明作为承运人或多式联运经营人的运输行名称,并由作为承运人或多式联运经营人运输行的签字或以其他方式证实。或注明承运人或多式联运经营人的名称,并由作为承运人或多式联运经营人的具名代理人或代表的运输行签字或以其他方式证实。提单作为承运人签发的运输单据,系物权凭证，属于UCP500接受的运输单据的范畴。而FCR的签发人为货运代理人，FCR只具有货物收据的作用,仅表明货运代理人将根据约定将货物发送到目的地，不代表物权，不具有“通过将纸面单据（PAPER DOCUMENT）交给另一方就将在途货物的权利转移给另一方”的功能，所以通常该运输单据不被银行所接受，除非开证人在信用证中明示“FCR是可接受的”。
四、提单和FCR的可转让性不同。依据我国海商法的规定，除记名提单外，指示提单和不记名提单均可转让，可转让性意味着提单持有人可以在目的地通过提交单证来获得货物所有权，而不论此时的提单持有人是否是和货物托运人签订买卖合同的买方。FCR与提单不同，在目的地交付货物并不依赖FCR的转递，原因在于FCR不具有与交付相关的固有属性即可转让性，FCR是不可转让的单证，货物只能交给FCR记名的收货人。
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