根据上述职责,省乡镇企业管理局设7个职能处(室):
办公室综合协调机关各处室的工作;负责会务、文秘、机要、保密、档案、信访、信息、提案议案处理及重要文件的起草工作;组织制订机关内部管理的各项规章制度;负责机关的后勤、保卫工作;负责扶贫工作。
人事组织处负责局机关和直属单位的思想政治教育、人事和机构编制管理、党务、纪检监察、工会工作;负责离退休人员的服务与管理工作;负责涉外人员的政审和管理工作。
计划财务处编制全省乡镇企业中长期发展规划和年度综合计划;会同有关部门制订农村富余劳动力转移规划;负责乡镇企业定期报表的年度统计;指导乡镇企业的财务会计、内部审计工作;负责乡镇企业的生产发展基金及事业费的使用管理;指导乡镇企业的资产评估和内审工作。
企业管理处负责指导全省乡镇企业的经营管理;实施乡镇企业改革计划和方案,推进乡镇企业建立现代企业制度;配合有关部门做好乡镇企业的劳动保护、安全生产、环境保护工作。
科技教育处负责全省乡镇企业的科技进步,新产品开发和质量、标准、计量管理工作;规划指导乡镇企业的教育培训工作。
产业指导处研究拟定有关乡镇企业技术改造的政策措施,引导乡镇企业的产业结构、产品结构的调整,指导乡镇企业能源开发、资源节约及综合利用、工业区建设;协助有关部门做好乡镇企业工业生产许可证的管理工作;负责省际间乡镇企业的经济合作;负责协调和指导乡镇企业出口创汇和外经、外贸、外资工作。
政策法规处监督、指导有关乡镇企业政策法规的贯彻落实;负责调查研究,掌握乡镇企业发展动态,为领导提供决策依据;组织起草和制订有关乡镇企业地方性政策法规文件;参与局重要文件和材料的起草;负责局机关的行政应诉和行政复议工作。
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