据2016年1月学校官网显示,学校拥有国家级科研机构3个,省级重点实验室1个,校级研究所11个。
国家级科研机构:国家水稻原原种繁育基地、国家农作物品种区域试验站、中国绿色碳汇基金会碳汇研究院
省级重点实验室:浙南作物育种重点实验室
校级研究所:作物研究所、蔬菜科学研究所、生态环境研究所、生物工程研究所、食品科学研究所、园林花卉研究所、果树研究所、温州碳汇研究院、现代农业规划研究所、数字化技术研究所、动物科学研究所
2008年至2015年6月,共立项省部级课题项目62项,其中国家级项目3项,外来科研到位经费6000多万元,获省科学技术奖二等奖2项、三等奖1项,通过国家审定新品种4个、浙江省审定18个。
2014年,在核心期刊上发表高等教育科研论文4篇,在全国高职高专院校中排第10位。
2015年9月,获得1项2015年度国家自然科学基金项目立项。2015年12月,3个项目获2015年温州市科学技术奖。2015年12月,在浙江省高职党建研究会2015年年会论文评选中2篇论文获得二等奖、1篇论文获得三等奖。
截至2015年9月,学校图书馆藏图书54.8万册,电子图书81.84万种, 2014年报刊819种。各类数据库11个,其中本地镜像资源有万方数据公司的中文期刊论文及硕博学位论文全文,书生之家电子图书,超星汇雅电子书(密集书库馆藏),起点考试系统等;拥有清华同方的中国知网CNKI数据库、中国知网农业知识仓库、重庆维普公司的中文科技期刊论文数据库、国务院发展研究中心信息网(国研网)、麦达博云随书光盘管理系统,以及Springer Link 全文数据库的远程访问权;加入浙江省高校数字图书馆(ZADL)的文献传递系统,可以进行文献馆际互借服务。
《温州科技职业学院学报》为季刊,是由温州科技职业学院主办的以农业科研为特色的综合性内部学术期刊。主要栏目有农林探索、温州论坛、院校建设、文化育人、课改实践等。