WTO 此机构的目标原是为了监督新的全球秩序,确保其合法;然而 WTO 没有任何类似民主机构的特征:WTO 秘密运作,没有义务向成员国或他者解释其行动;WTO 的国家代表多是贸易律师,往往会因为企业需要而为之打通关,而该组织也秉持对市场的信仰,往往向企业利益倾斜,常让地方环境法与劳工法受挫、无以伸张。
不公平的决策一些国家对于在 WTO 框架下的不公机制表示不满,如在数国组成的小团体内讨论而达到协议,往往压缩其他比较u201c不重要u201d的国家的权益等等,而在此体制下,大部分发展中国家也较没有足够力量反对一些决议。
密室会议WTO 最为人诟病之一,即为其不透明的所谓u201c密室会议u201d、u201c绿室会议u201d或u201c小型部长会议u201d(Green Room)。其原文出自起初GATT乌拉圭回合(Uruguay Round) 中,少数会员代表于绿色房间内所作出的决议,另一说则为日内瓦WTO秘书长的办公室颜色。在u201c密室会议u201d中,部分对于会议主题有利益关系的少数国家事先就议题做出一致的方案,之后在此决议公布于所有会员国前决议。此种决议方式在后来于1999年西雅图、2001年杜哈及2003年坎昆部长会议均被采用,甚至成为许多决议失败的原因,因为非洲或其他周边国家在整个会议讨论中,均被排除在u201c密室会议u201d之外,故拒绝承认最后的决议。此种决策过程在1990年代常被提出,常为开发中国家或非政府组织对于 WTO 决策不透明的批判焦点。
过去数十年中有许多方案尝试解决u201c密室会议u201d的问题,如由数个永久核心会员国及由其他成员国以轮值的方式所组成的执行委员会,以管理 WTO 里的议程,其中的核心会员国可由各国在世界经济体的影响力或其他准则来决定。然至今这方面仍未有明显的进展。许多决策者认为,使 WTO 的会议更为透明无疑是有必要且可取的,但同时也有人认为u201c密室会议u201d这样的讨论过程在如此一个日益庞大的组织是无可避免的。
除上述以外,包含了 WTO 中最重要的关税限制及其他由所有会员国决议的资料库无法自由地取得,也常是多方批评的一项。